Випромінювання Юпітера в гамма-діапазоні пов'язано з полярними сяйвами, а також із випромінюванням диска[9]. Вперше зареєстровано у 1979 році космічною обсерваторією імені Ейнштейна[en]. На Землі ділянки полярних сяйв у рентгенівському та ультрафіолетовому діапазоні практично збігаються, проте на Юпітері це не так. Ділянка рентгенівських полярних сяйв розташована набагато ближче до полюса, ніж ультрафіолетових. Ранні спостереження виявили пульсацію випромінювання з періодом у 40 хвилин, однак у пізніших спостереженнях ця залежність проявляється набагато гірше.
Очікувалося, що рентгенівський спектр авроральних сяйв на Юпітері схожий на рентгенівський спектр комет, проте, як показали спостереження Чандра, це не так. Спектр складається з емісійних ліній з піками поблизу 650 еВ (кисневі лінії), 653 еВ та 774 еВ (лінії OVIII), а також 561 еВ і 666 еВ (OVII). Існують також лінії випромінювання нижчих енергій у спектральній ділянці від 250 до 350 еВ. Можливо, вони належать сірці або вуглецю[10].
Гамма-випромінювання, не пов'язане з полярним сяйвом, вперше було виявлено при спостереженнях на ROSAT 1997 року. Спектр схожий зі спектром полярних сяйв, однак в районі 0,7-0,8 кеВ[9]. Особливості спектра добре описуються моделлю корональної плазми з температурою 0,4-0,5 кеВ із сонячною металічністю, з додаванням емісійних ліній Mg10+ та Si12+. Існування останніх, можливо, пов'язано з сонячною активністю в жовтні-листопаді 2003 року[9].
Спостереження космічної обсерваторії XMM-Newton показали, що випромінювання диска в гамма-спектрі — це відбите сонячне рентгенівське випромінювання[Джерело?]. На відміну від полярних сяйв, ніякої періодичності змін інтенсивності випромінювання на масштабах від 10 до 100 хв виявлено не було.